Задолго до кончины своей преосвященный Игнатий стал готовиться к ней, и в разговорах своих часто касался распоряжений на случай смерти. За пять лет (в 1862 году) он сделал духовное завещание, засвидетельствованное 20-го июля 1863 года в Костромской палате гражданского суда, коим все свои сочинения передавал в собственность и распоряжение брата своего Петра Александровича Брянчанинова. В августе 1864 года он говорил своему брату: «Матушка наша была также больна пред смертью как и я; все на ногах, и аппетит был порядочный, а пришло время, — в три дня болезнь покончила все дело. Прошу, когда я буду умирать, не вздумайте посылать за доктором, дайте мне умереть христианином, — не подымайте суматохи. О кончине моей родных не уведомлять и к похоронам их не ожидать, а предав земле, тогда уведомите... Я тебе говорю вперед, чтоб ты знал, и чтоб об этом в час болезни предсмертной не забыть и не заботиться. О том, как и где похоронить меня ничего не говорю и не завещаю потому, что не желаю связывать действий ближних за пределами моей жизни, и притом в том, что никогда почти не исполняется».
Наступил 1866 год; печатались 3-й и 4-й тома творений преосвященного Игнатия, его «Аскетическая проповедь» и «Приношение современному монашеству» или «Советы»; между тем физические силы его самого видимо упадали, так что приезжавшие из Петербурга для посещения его духовные дети поражались тою переменою, какая представилась им при виде духовного отца, изнуренного болезнью и преждевременною дряхлостью. Несмотря однако же на такое падение физических сил, душевная бодрость не оставляла его. «Не бойтесь, — писал он одному из своих духовных чад, занимавшемуся корректурою издаваемых его сочинений, — я не умру до тех пор, пока не кончу дела своего служения человечеству и не передам ему слов истины, хотя действительно так ослабел и изнемог в телесных силах, как это вам кажется».
14-го августа 1866 года, посетил Николо-Бабаевскую обитель их императорское высочество государь наследник Александр Александрович и великий князь Владимир Александрович. Владыка, поднося цесаревичу святую икону благоверного князя Александра Невского, встретил его следующею речью: «Всемогущий Бог, в трудные времена России, осенивший небесным благословением и небесною помощью благоверного великого князя Александра Невского, да осенит этим благословением и этою помощью и ваше императорское высочество в предстоящем вам великом служении Богу и человечеству». Потом, вручая Владимиру Александровичу икону святого равноапостольного князя Владимира, сказал: «Ваше императорское высочество! В древности два великие князя — равноапостольный и Мономах — носили имя Владимира. Благочестием, мудростью, мужеством ознаменовалась жизнь их. — И ныне великий князь, носящий имя, вожделенное для России, да возрадует Россию этими качествами, столько благодетельными для народов, когда народы озаряются ими из святилища — из царственного дома». Келейная беседа владыки с высокими посетителями касалась монастырей. — «Монастыри — лечебницы, — говорил преосвященный, — это приют для людей, которые, сознав бессилие свое сохранить себя, душу свою, живя в мире, идут в это убежище, и приносят в него свои понимания, свои привычки, свои пороки, свои страсти, развитые тем образованием, которые они получили в мире, поэтому нравственное состояние монастырей находится в совершенной зависимости от нравственного настроения народа Народ развращается, развращаются и монастыри. В них много вкралось предосудительного, много дурного; но при всем том, они сохраняют характер свой — убежища желающим сохраниться от конечной погибели, они больницы для душ безнадежно больных, верность Церкви Православной и престолу. Извольте, ваше высочество, обратить внимание на то обстоятельство, что нет другого сословия, кроме монашеского, в котором не было бы ко-вов на измену престолу. Монашество и монастыри потому особенно гонимы партиями злонамеренными, что они преданы -вере и престолу и поддерживают эти чувства в тех, которые сближаются с ними и подчиняются их духовному направлению. Одною ногою я уже стою в могиле, и для себя ничего не ищу, и мне нечего искать, а докладываю вашему высочеству сущую истину, ради истины; умоляю ваше высочество, поддерживайте монастыри по тому благу, которое приносит их существование». — Их высочества обошлись весьма благосклонно с владыкой, утешили его своим вниманием к словам его. Посещение их оставило самое приятное впечатление в преосвященном, он называл его своим окружающим «зрением восходящих светил».